2000年，对于70岁的吴敬琏来说是难忘的一年，正是在这一年，他的影响力超出了其所研究的经济学专业领域，成为一个广受瞩目的公众人物。年初，他因为预言网络泡沫的破灭而成了一个“明星预言家”。到年底，他又因一个重大事件而站在了公众舆论的“风暴眼”中。

10月，《财经》杂志刊登了一组封面调查《基金黑幕》，将中国股市中的“基金神话”一下子刺破了。这个“说真话的孩子”是一个28岁的无名小卒赵瑜纲，他是上海证券交易所监察部的研究人员，为了对基金管理的现状做一个例行的调研，他以1999年8月9日到2000年4月28日为区间，对国内10家基金管理公司旗下的22个证券投资基金进行了追踪，将它们在上海证券市场上大宗股票交易的汇总记录细致分析，写出了《基金行为分析》和《基金风格及其评价》两份报告。就是在这两份报告中，赵瑜纲披露了投资基金大量的违规、违法操作事实。报告是在5月份形成的，很快就以非正式的方式流传到了社会上，并最终落到了被证券界一些人称为“最危险的女人”、《财经》杂志主编胡舒立的手上，在她的坚持下，《财经》以选编的方式刊发了赵瑜纲的报告。

此文一出，顿时平地掀起千重巨浪。10月16日，被点名的10家基金管理公司联合发表声明，指斥《基金黑幕》一文以耸人听闻的形式刊发颇多不实之词和偏颇之论，它们自称：“中国的基金公司已经是国内监管最严格、制度最完善、透明度最高的投资机构之一，《基金黑幕》依据的资料数据采样不准确，研究方法不科学，对基金的交易行为的判断与事实严重不符。该报告的作者和《财经》严重违背了新闻客观、公正的职业操守，对中国基金业两年来的试点成果给予全盘否定，是可忍孰不可忍。”10家基金公司因此强烈表示要追究作者和媒体的诽谤责任。被质疑职业操守的胡舒立毫不退缩，她当即在3家证券报上发表声明，称《基金黑幕》资料具有正当来源和可靠依据，符合客观、公正的事业原则。

当时，国内经济学界一片噤声，而众多的财经媒体或因利害关系或因真相未明而不置一词，舆论一时间空前压抑。就在基金公司发表声明的10多天后，10月29日，吴敬琏接受中央电视台《经济半小时》记者的采访，谈了他对“基金黑幕”的看法。

吴敬琏说，“第一，10大基金这个声明说是多处不实，但它没有举出来最基本的核心的事实是不实。对倒、倒仓这些活动，我想是《财经》这篇文章最主要的指责、指控。因为这是一个触及《刑法》的问题……操纵市场是刑事犯罪。第二，怎么可能10大基金公司共同互保？难道他们之间互相的账在他们内部都是公开的吗？他们的操纵行为都是互相知道得一清二楚的吗？对于经济学家来说，这是不可想象的。10大公司本来各个之间是竞争对手嘛。而且法律上说他们不能够串谋来进行交易活动，对不对？在这种情况之下，他们怎么能够互相证明呢？如果这个证明是有资格证明的话，那肯定就是说他们在交易活动中完全是共同商量的结果。如果是这样的话，那不就是违法行为了吗？”

记者接着追问：“就算是基金管理公司出了一些问题的话，按照您的说法这笔账应该记到谁的头上？”

吴敬琏坦率地直指监管当局，他说：“一个市场，如果普遍地违规违法，那就要考虑了。这个环境引诱人们走向违规违法，那么就是有关当局都应该负有一定的责任。比如说首先是监管机构，然后是司法机构，那都是负有责任的。当然比如说行业的自律，还有我们的传媒，我们都是有责任的，有的是有行政责任，有的是法律责任，有的人是一种道义责任，包括经济学家。我们都是一个社会人，在这里面你是鼓励让这个市场正常化起来，你是在保护中小投资者的利益，还是在帮那些违规违法、自己当了暴发户而把中小投资者套住了、坑了的人，你是站在哪一边？”

那段时间里，有关方面正在隆重纪念中国证券市场恢复10周年，歌颂和总结的文章正层出不穷。《财经》对基金业的揭黑以及吴敬琏的呼应，无疑让部分管理高层人士很不舒服。吴敬琏多年的学术搭档周小川于2000年2月刚刚调任证监会主席，他提出“资本市场要在规范的基础上发展”，而一些人则对此攻击说，“规范，规范，再规范，就会搞垮中国资本市场”。日后吴敬琏回顾自己之所以挺身直言时说，“《财经》发表《基金黑幕》之后，公众表达了极大的关切和义愤，但揭开还是捂住黑幕的交锋还处在对峙之中，人们便期待着经济学家的声音。在这种情况下，我接受了中央台的采访”。

中央台的节目播出后，在全国产生了震动性的效应。在接下来的几天里，吴敬琏连续接受了多家媒体的采访。在与《南方周末》记者陈涛的对话中，他颇为激烈地说：“在某些政府官员和国有企业领导人看来，证券市场的功能就是为获准上市的企业圈钱解困。对于另一些懂得金融市场交易特性，又有某种权力背景的人来说，则把它看作一个可以进行违法违规操作而不会受到惩罚，从而从中小投资者（他们往往被某些人轻蔑地看作可以任意宰割的‘股民’）口袋里大把掏钱的良好场所……内幕交易、操纵市场等坑害中小投资者的活动愈演愈烈，以致简直成了市场活动的常规，证券报刊的习惯用语。中小证券投资者对这种情况看在眼里，却无能为力。他们郁积于胸间的愤懑之情，只要看看《基金黑幕》发表以后投资者在网上发表的言论，就可见一斑。同时，不止一篇良心未泯而又勇于仗义执言的证券业从业人员揭露黑幕的文章，也印证了受害的中小投资者所言非虚。”

吴敬琏的参与让“基金黑幕事件”顿时升温。12月4日，证监会主席周小川接受采访，表示欢迎媒体对证券业、资本市场发表意见，对于调查属实、确有证据的违规行为一定给予依法处理。据后来的调查结果显示，10家基金公司中，除了两家，其余均被发现存在“异常交易行为”。

吴敬琏的勇敢和率直让他的声望达到了顶峰。在此之前，在公众的心目中，他是一个居于庙堂之上的“体制设计者”，而此刻，作为一个公共知识分子的吴敬琏出现了。

2000年12月，中央电视台第一次评选“CCTV中国经济年度人物”，由100位经济学家和50位知名财经记者共同组成的评选委员会选出了10位表现最活跃的“年度人物”，他们是吴敬琏、柳传志、田溯宁、梁定邦、彭作义、周厚健、张瑞敏、张宏伟、求伯军和王石，在10位当选人中，吴敬琏唯一以学者的身份入选，并获得了“年度人物”第一名的大奖，在网络票选中他遥遥领先，排在“人气排行榜”首位。

在获奖者专访中，主持人问白发苍苍的吴敬琏：“我们曾经把冰心老人称作是‘中国文坛的良心’，那么现在也有人把您称作是‘中国经济界的良心’。在今天的中国社会中，‘经济’这两个字无处不在。大家都在讲钱，都在讲创造财富和盈利，良心这两个字有什么用处？ ”后者答道，“中国老话就有：君子爱财，取之有道。市场经济它需要一个人和人之间的信任关系，没有这样一种信任关系，如果靠尔虞我诈是发展不到现代市场经济的。”在专访的最后，主持人颇有感慨地说：“旧的一年过去，好在我们把良心留下了。我们也许不需要诺贝尔经济学奖，但我们需要敢讲真话、讲实话的经济学家。”

12月29日，《中国青年报》刊登了记者潘园对吴敬琏的专访，题目是《改革：我们正在过大关》。吴敬琏直言，“我感到不满足的是，1984年以后一些方面的改革仍然进展太慢”。

他说：“十二届三中全会确定了改革的基本道路。其后的党代表会议要求在‘七五’（1986~1990年）期间建立起商品经济的基本框架。这个任务没有完成。1993年十四届三中全会要求在本世纪末初步建立社会主义市场经济体制。从那时到现在，市场经济体制建设有了很大进步。但是市场经济的有些重要架构，例如现代金融体系，还有待建立。阻碍改革推进得更快的一个因素是旧的意识形态的障碍，但更重要的是某些既得利益集团不愿意放弃既得利益。”