1993年12月，全国人大常委会通过了《公司法》。从1994年起，中央政府开始按照《公司法》在全国推行现代企业制度的试点改革，到年底，国家体改委在全国选择了31家大型企业进行试点。

就如同分税制替代了财税包干制一样，《公司法》的实施，意味着承包制即将在中国企业改革中走向终结。事实上，早从80年代中期以来，吴敬琏便断定国有企业必须走产权清晰化的股份制道路，不过，他有一个与厉以宁的股份化理论不完全相同的观点，就是公司只有确定“能够在所有者和经营者之间建立起制衡关系的公司治理结构”才能有效运行。吴敬琏和钱颖一在《关于公司化》一文中，用了将近一半的篇幅详细介绍和论述了一个当时国人还十分生疏的重要概念—公司治理（Corporate Governance，又称法人治理结构）。他们指出：“建立公司治理结构的要旨在于明确划分股东、董事会和经理人员各自的权力、责任和利益，从而形成三者之间的制衡关系。”这就是说，公司必须建立有效的公司治理。

可惜的是，在20世纪后期已成为现代公司制度核心架构的公司治理，在当时的中国还鲜为人知，可否在《决定》中写进这样一个并非一句话就能讲清楚的外国名词，就成了问题。几经折中，写进文件中作为代替的是四句浅显明白的话：“产权清晰、权责明确、政企分开、管理科学”。“法人治理结构”这个公司制度的核心概念，直到1999年的中共十五届四中全会才被采纳，第一次出现在《中共中央关于国有企业改革和发展若干重大问题的决定》这一文件之中。

由于当时决策层中仍有不少人坚持认为国有企业改革的主要目标就是扩大企业自主权，对股份制或产权变革不以为然，他们的思想及声音渗透在很多文件、报告和讲话中，因此常常出现讲现代企业制度，讲着讲着就成了“放权让利”。于是，出现了“只讲权责明确、政企分开、管理科学这三句话”，还是“四句话一起讲”的争议，吴敬琏当然支持后者。

在企业一线则出现了操作中的难题。不少企业便把很多相干、不相干的东西都往“现代企业制度”这个箩筐里乱装。而能够在所有者和经营者之间建立起制衡关系的公司治理却付诸阙如。这样，新建立的“公司”往往有其名而无其实，更谈不上绩效的改善。

进入1995年之后，国有企业的经营状况持续恶化，几乎到了难以为继的地步，国务院发展研究中心的一份报告显示，国有企业的亏损面超过40%。另据国家统计局对天津、哈尔滨、沈阳、成都等15个大中城市的2 600家国有工业企业的调查显示，这些企业的资产总额为2 544亿元，负债却达2 007亿元，企业负债率平均高达78.9%，与10年前相比，资产增长了4.1倍，债务则增长了8.6倍。

国家显然已经无力照顾数以百万计的“亲生儿子”们。正是在山穷水尽之处，改革再次“被动”地得到拓进。在总结了前几年建立“现代企业制度”试点未能取得成功的教训以后，1999年9月19日至22日召开的中共十五届四中全会通过了《中共中央关于国有企业改革和发展若干重大问题的决定》，要求改制公司普遍实现股权多元化和建立有效的“法人治理结构”，国有企业（但一般只是集团公司控股的二级企业，而非母公司本身）的公司化改制才算“动真格”的了。